Ngày 6 tháng 6 năm 1975, linh mục Emmanuel Lê Phong Thuận được chọn làm giám mục phó với quyền kế vị tại Giáo phận Cần Thơ với danh nghĩa Giám mục hiệu tòa Abthugni. Trong cùng ngày, tân giám mục Thuận được cử hành nghi thức tấn phong bởi chủ phong là giám mục chính tòa giáo phận Cần Thơ Giacôbê Nguyễn Ngọc Quang.[1] Lê Phong Thuận chọn cho mình châm ngôn: Nhờ Người, với Người, trong Người.[5]

Từ năm 1975 đến năm 1980, Lê Phong Thuận đảm trách vai trò quản lý các Đại chủng sinh đang sống rải rác trong giáo phận và ít lâu họ về chủng viện một lần. Ngoài việc giảng dạy Giáo luật, ông tự nguyện tiếp tục đảm trách vai trò phụ trách giáo lý. Vì chưa có tài liệu giảng dạy giáo lý, ông tự soạn và cho phổ biến đến tất cả họ đạo trong giáo phận. Cử hành nghi thức trao Bí tích Thêm Sức, Lê Phong Thuận không những khảo hạch các trẻ em và còn khảo cả phụ huynh các em này. Chính vì thế, lễ thêm sức do ông cử hành có những bất thường: thánh lễ dài 2 giờ, có 2 bài giảng: bài 1 là hỏi giáo lý các trẻ em, bài 2 nhắn nhủ các phụ huynh và giáo dân.[7]

Năm 1980, Lê Phong Thuận được bầu làm Phó Tổng Thư ký của Hội đồng Giám mục Việt Nam và giữ chức vụ này cho đến khi trở thành Tổng thư ký năm 1989. Từ năm 1995, ông đảm nhiệm vai trò chủ tịch Ban Phụng tự cho đến năm 1998. Trong suốt khoảng thời gian này, lịch trình làm việc của ông khá đều đặn mỗi tháng: Tuần đầu tháng đến Thành phố Hồ Chí Minh, lo việc của Hội đồng Giám mục, tiếp sau hai tuần là đi giảng dạy, trao bí tích Thêm Sức, phong chức tại giáo phận và tuần cuối tháng dự khóa thường huấn với các linh mục.[7]

Các cơ hội để thực hiện các chuyến thăm mục vụ, ông luôn tận dụng để đến thăm các họ đạo. Thông thường, sau khi cử hành lễ, ông thường gặp Hội đồng Giáo xứ và các giới, các nữ tu và ở lại giáo xứ qua một đêm. Mỗi năm vào dịp Tuần Thánh và lễ Giáng sinh, Lê Phong Thuận thường chọn đến hỗ trợ một họ đạo không có linh mục trông coi, ở địa bàn vùng sâu và thường thì sau khi đến thăm một vài tháng, ông sẽ cho một chủng sinh đến hỗ trợ xứ đạo này. Sở dĩ có thể đến thăm các vùng khác nhau, ông dễ ăn và dễ ngủ, thường chỉ cần võng là có thể ngủ qua đêm.[7]